公司对保安罚款1000元不合法。依据《劳动法》，用人单位非行政执法机关，无权对员工罚款。不及时处理可能导致员工权益受损，影响公司声誉。
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公司罚款不合法。应：1.撤销罚款决定，避免法律风险；2.与保安沟通，了解原因；3.依公司规定给予警告或绩效扣分；4.完善公司管理制度，明确违规处理方式。
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处理此类问题，公司应撤销罚款，改为警告或绩效扣分。选择方式时需考虑员工行为性质、公司规定及法律要求，确保合法合理。